壇上伽藍とも呼ばれ、もともと南北中心線上に中門と金堂を配し、その後方に東西に並んで東に胎蔵界を表す根本大塔を、西に金剛界を表す西塔を置くという真言密教の教義を現した独特の伽藍配置を持っていた。奥院と併せ「両壇」と呼び、高野山の宗教上の重要な聖域である。